La Contraloría Departamental del Huila nació como producto de la Ley 42 de 1923 en el Orden Nacional, la Asamblea Departamental del Huila expide la Ordenanza No 2 del 13 de Junio de 1935, por medio de la cual crea la Contraloría Departamental del Huila como Oficina de Contabilidad y Control Fiscal, encargada de la Fiscalización de los presupuestos departamentales y municipales.
En 1935, fecha de creación de la Contraloría Departamental del Huila, Neiva era una ciudad con muy pocas casas modernas, destacándose el Palacio Nacional y su Hospital. El Órgano de Control Fiscal inicialmente funcionó en el tercer piso del edificio de la Gobernación conocido como el Palacio de las 56 ventanas, localizado en el costado norte del Parque principal, siendo una modesta edificación que apenas sobresalía en la arquitectura local. Al momento de crearse la Contraloría Departamental del Huila se puede destacar que al sur de la ciudad existían pueblos donde sus habitantes desarrollaban buscaban su manutención a través de sus cosechas de distintos productos tales como el arroz, cacao, café, algodón, entre otros. Siendo estos los escenarios urbanos y rural bajo el cual fue creada la Contraloría.
Para tal fin se dispuso el nombramiento por primera vez en la historia de un Contralor Departamental, elegido por la Asamblea para periodos de un año, la entidad se conformó inicialmente por un Contralor, un Contralor Auxiliar, un secretario, un tenedor de Libros, un incorporador de Cuentas Departamentales, un incorporador de cuentas municipales, cinco examinadores de cuentas, un mecanógrafo, un Jefe de estadística, un oficial ayudante y un portero. La competencia otorgada a la Contraloría Departamental del Huila se fundamentó en un control previo de los fondos y bienes oficiales prescribiendo los procedimientos para la rendición de cuentas y la forma de los libros de contabilidad, tanto del departamento como de sus municipios.
Cuando se designa el primer Contralor la Asamblea Departamental se expide la Ordenanza No 50 de 1938, por medio de la cual se constituye el Código Fiscal. En esta ordenanza se establece la Contraloría como una entidad fiscalizadora encargada del control y contabilidad de todos los fondos y bienes Departamentales, así como del examen y del fenecimiento de las cuentas de los responsables del erario departamental y municipal. El periodo del Contralor se amplia a dos años, el cual empezaba el primero de Julio del año en que se hacia la elección por parte de la Asamblea Departamental. Así mismo se crea la figura del Subcontralor, como inmediato Auxiliar del Contralor, quien debía remplazarlo en los casos de falta temporal y absoluta.
La estructura de la Contraloría para ese entonces se dividía en las siguientes dependencias: una Junta Directiva, un Contralor, un Subcontralor, un Secretario, una sección de contabilidad, una sección de estadística, una sección de examen y fenecimiento de cuentas y una portería. Todos los empleados asignados a estas dependencias eran de libre nombramiento y remoción por parte del Contralor, quien estaba facultado para asignar su remuneración, e incluso crear y suprimir su número. Avanzando el tiempo con la expedición de la Ordenanza No 17 de 1942 la Contraloría Departamental del Huila se reorganiza, precisando sus funciones para el control de los Empleados de manejo.
Llegado el año 1943 y tras ocho (8) años de creación la Contraloría Departamental del Huila sufre un golpe institucional al ser suprimida mediante la Ordenanza No 11 de dicho año, a través de la cual se crea en su reemplazo el Departamento Administrativo de Interventoría Fiscal del Departamento del Huila el 09 de Febrero de 1967 Neiva y gran parte del departamento es sacudido por un fuerte Sismo que avería gran parte de las edificaciones, entre ellas el Palacio de las 56 ventanas donde funcionaba la Contraloría, es por esta razón que la sede del Órgano de Control Fiscal tiene que trasladarse a una locación ubicada en la Calle 8ª entre carreras 4ª y 3ª, donde funcionaba hasta el año de 1970 posteriormente se traslada a la Calle 9 No 5-100 donde arrienda un local, una vez más la Ordenanza No 18 de 1967 reacomoda el control fiscal a cargo de la Contraloría siendo definida como un organismo autónomo e independiente a cargo de la gestión fiscal de la administración departamental y municipal al igual que los establecimientos públicos descentralizados.
Terminado el nuevo y actual edificio de la Gobernación del Huila, el 25 de Enero de 1975, las instalaciones fueron trasladadas a la moderna edificación, siendo ubicadas en el quinto piso, donde a la fecha sigue funcionando.
Ordenanza de creación de la Contraloria Departamental del Huila.